Épisode 1 : Nous sommes en l'an 23 de la Nouvelle Ère. L'Ancien contrôle la population grâce à sa dictature autoritaire (son système de pouvoir et de surveillance est connu sous le nom de Le Système). Il a crypté les fichiers historiques, effaçant ainsi l'histoire humaine pour les citoyens. Un groupe de courageux hackers est déterminé à lutter contre Le Système de l'Ancien. Ils décryptent le fichier interdit pour chercher la clé du Fichier Zéro, qui est en quelque sorte lié à l'an zéro de l'ancienne ère. Déverrouiller le Fichier Zéro est la clé pour les aider à restaurer leur histoire et retrouver un sens et une raison de vivre.
Episode 2
Épisode 2 : Nous découvrons comment deux groupes de hackers, les Chercheurs et les Taupes, doivent coopérer pour sauver Ghora, une Chercheuse. En utilisant une technologie qui a survécu à la Guerre Sombre, les hackers ont envoyé Ghora à l'intérieur du fichier (sous la forme d'une représentation virtuelle de son esprit) pour trouver le code d'accès au Fichier Zéro. Cependant, elle a été piégée dans le fichier lorsqu'une vérification de sécurité du Système a localisé son signal. Les Chercheurs ont besoin de l'aide des Taupes pour ramener l'esprit de Ghora avant que son corps ne lâche ou qu'elle ne soit tuée par les assassins du Système, les Guetteurs.
Episode 3
Ergo et Cyro sont à l'intérieur du Fichier Zéro, à la recherche de Ghora, lorsqu'ils découvrent un monde très différent. Dans un petit village, ils rencontrent un personnage mystérieux qu'ils appellent "le Bon Homme." Bien qu'ils sachent qu'ils se trouvent dans une relecture de l'histoire où ils sont de simples observateurs silencieux, Ergo est certain que l'étranger l'a regardé directement. Ils suivent le Bon Homme jusqu'à une maison pour comprendre pourquoi il agit ainsi.
