伊朗政府允許一些註冊的教堂，在有限的自由下運作，這些是歷史悠久的亞美尼亞和亞述東正教會。他們為自己的民族服務，幾個世紀以來，一直是伊朗的忠實見證。
這些基督教團體之所以被政府容忍，部分原因在於他們是社會古老結構的一部分；但主因是他們用自己的語言舉行崇拜，而非全國通用的波斯語（Farsi），因此，他們不太可能讓伊朗那些講波斯語的穆斯林改變信仰。然而，亞述人和亞美尼亞人仍然面臨歧視，所有非什葉派穆斯林都被視為二等公民。
1979年之前，有幾十個新教的教會（長老會、神召會和聖公會）也在政府註冊。由於他們用波斯語舉行聚會，伊朗的穆斯林可以參加並理解這些崇拜儀式，以致革命後，這些教會受到愈來愈多的壓迫，不得不停止活動。
今天，幾乎所有的新教教堂都被迫關門，少數仍被允許運作的教堂規模很小，並受到嚴密監控，也不允許有穆斯林背景的新成員加入。

代禱文
天父，初代教會的信徒，也深受政權的迫害，但他們恆心遵守使徒的教訓，彼此交接、擘餅、祈禱。我們也禱告伊朗的教會在主裡剛強茁壯，滿了神的喜樂。願他們常在聖經中得著你的安慰、鼓勵，知道自己在百般的試煉中暫時憂愁，信心既被試驗，就比那被火試驗仍然能壞的金子更顯寶貴，在耶穌基督顯現的時候，得著稱贊、榮耀、尊貴。願亞美尼亞人和亞述人繼續為主作見證。教會領袖剛強壯膽，靠主大有平安，服事滿有果效。奉主耶穌基督的名求，阿們！